马其顿军队大胜后冲入波斯大营，缴获黄金2,900塔伦，珠宝粮秣不计其数，而大批波斯妇女成为俘虏。罗马史学家科丘斯记载，马其顿士兵奸淫掳掠无恶不作，波斯营地一片狼藉，到处可闻女人的哭喊之声。只有波斯王的大帐得以幸免，因为按照马其顿的传统，这是亚历山大个人的战利品。亚历山大在波斯王的大帐里见到大流士的母亲、王后、两个成年的公主和年仅6岁的王子，她们身边聚集着一群妃姘侍女，个个披头散发，衣衫不整，惊魂未定。亚历山大告诉她们大流士安然无恙，然后将她们妥善安置，给予王室应有的待遇。

      据阿里安统计，伊苏斯战役马其顿军队阵亡骑兵150人，步兵300人，4,500人受伤。后世史学家认为马其顿方面5,000人的伤亡数字大致准确，但伤亡比例至少应该是4比1，这样估算阵亡将士有1,200人。阿里安记载的波斯军队阵亡6万人显然言过其实。根据古典史料关于希腊雇佣军8千人幸存的记录，可以估算希腊雇佣军伤亡12,000人，其中绝大部分战死；战役当中波斯骑兵并没有遭到沉重打击，最后全身而退；卡尔达克步兵元气大伤，自此以后从波斯军队的序列中消失，损失必定惨重。波斯军队溃退当中互相践踏死伤甚众，考虑到战败一方伤者的存活率极低，可以估算波斯方面阵亡将士至少在2万人以上。

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